Main Hoon Na conta a história do oficial do exército Ram Prasad Sharma (Shahrukh Khan) e seus esforços para frustrar o terrorista Raghavan Datta (Sunil Shetty), que não quer permitir que ocorra um acordo que representa um primeiro passo para a paz entre Índia e Paquistão. Ao mesmo tempo,Ram se depara com a missão de tentar melhorar o relacionamento com a ex-mulher de seu pai (Kirron Kher) e seu meio-irmão Lucky(Zayed Khan). Ambos foram embora de casa quando Ram era criança e Lucky apenas um bebê, pois sua madrasta não aceitou receber Ram em sua casa - ele era fruto de um relacionamento extra-conjugal de seu marido e foi morar com a família ao perder a mãe. Ram não conta aos dois sobre sua verdadeira identidade e vai estudar na mesma universidade de Lucky para tentar conquistar o amor de ambos e proteger além deles, Sanjana(Amrita Rao), a rebelde filha de seu superior que está sendo ameaçada por Raghavan.