A história começa com Subaru Hoshikawa, filho de um cientista astronômico que desenvolve uma tecnologia onde colocaria os humanos em contato com extra-terrestres. Algo dá errado e o pai dele desaparece. Então, seu filho sai em busca de seu pai, encontrando seus seus óculos especiais, que permitem a visão de ondas eletromagnéticas, e usa-os só por curiosidade.Porém, o que ele vê é uma outra coisa, uma coisa que ele jamais esperaria encontrar.