O capitão Nathan Bridger é retirado da aposentadoria para comandar o novo submarino SeaQuest, sob a autoridade da United Earth/Oceans Organization. Seu navio subiu contra as forças piratas comandadas por Marilyn Stark, uma ex-capitã da SeaQuest que tentou instigar uma guerra. Em meio a um clima político global tumultuado, a capitã Marilyn Stark, comandante do gigantesco submarino SeaQuest DSV, o navio de guerra mais poderoso do oceano, é removido do comando quando quase começa uma guerra em grande escala. Ironicamente, o incidente serve de catalisador para um novo impulso para a paz mundial. Uma nova autoridade multinacional, a United Earth Oceans Organization (UEO) é fundada para governar os oceanos do mundo. O SeaQuest é transformado em um navio de manutenção da paz e laboratório móvel. A UEO busca o arquiteto recluso do navio, o ex-capitão Nathan Bridger, para assumir o comando dela. Bridger está relutante em aceitar, mas concorda em visitar o submarino e inspecioná-lo no novo estado remodelado. No entanto, em breve na viagem inaugural do navio remodelado, Bridger enfrenta um ataque de um subjacente renegado pela capitã desarmada Stark.