Mutant Aliens conta a história do astronauta americano Earl Jensen, que fica perdido no espaço graças à sabotagem do chefe do Departamento Espacial.

Anos depois o astronauta volta à Terra, contando sobre como sobreviveu durante todo este tempo num planeta habitado por aliens com a forma de partes do corpo humano.

Porém, por trás desta história há um plano escondido pelo astronauta, cuja principal intenção é se vingar de seu chefe corrupto.

A animação é cheia de momentos nonsense, situações grotescas, e cenas de sexo e violência gratuitas, funcionando como uma sátira ácida dos filmes B de monstros espaciais.