A história se passa em Tóquio, no Japão, após 3ª guerra mundial. Alguns lugares atingidos deixaram buracos contaminados com radiação chamados de Black Spot. As pessoas que ainda vivem lá são conhecidas como "Needless" (Inúteis). Depois de atacar uma base inimiga, o grupo de Cruz é completamente dizimado, e uma das vitimas é ninguém menos que a sua própria irmã. Quando está prester a morrer, Cruz é salvo por um Padre misterioso. Assim, o jovem cruz passa a servir esse padre e seus amigos. Muito mistério, muita comédia, e uma boa dose de ação fazem desse anime um dos melhores do gênero.