Shio Ogura é uma estudante japonesa do ensino médio que está visitando Taiwan numa excursão da escola, quando ela é subitamente atacada por monstros. Agentes conhecidos como "E-Gene Holders" da agência do governo DOGOO, os quais empunham armas fundidas com espíritos de figuras históricas também chegam. É revelado que Shio também é uma E-Gene Holder quando a alma de Oda Nobunaga desperta após ela tentar resgatar um amigo.