Black Ghost, uma sociedade secreta que manipula todas as ações globais através do submundo, ambiciona levar as guerras, que caminham lado-a-lado com a humanidade desde seu nascimento, para o espaço. Para isso, inicia-se o projeto ciborgue, que consiste na produção de super-soldados para serem usados como armas por Black Ghost. No entanto, uma das mentes brilhantes por trás do projeto, o professor Isaac Gilmore, é atormentado por sua consciência a abandonar o projeto e assim organiza uma rebelião que visa a libertação dos 9 protótipos 00.

Joe Shimamura é o protagonista da história que se inicia quando este se junta ao grupo rebelde que decide então utilizar de suas novas aprimoradas habilidades para se voltar contra seus próprios criadores e dar um fim ao período de caos e destruição propagado por Black Ghost.