No futuro a sociedade humana começará a se estagnar e buscará soluções para sua existência. Existe a lenda de um Paraíso que ainda guardaria boas condições de vida , mas este Paraíso só estaria ao alcance dos Lobos, que já estão extintos há mais de 200 anos. As tensões da trama se desenvolvem em cima dos Lobos, que na verdade não se extinguiram, e se disfarçam de humanos para continuarem sua busca pelo Paraíso sem serem incomodados. A sua relação com os humanos fica mais próxima quando os últimos criam Cheza, a Filha da Lua, uma humana criada artificialmente através de uma Flor, a Flor da Lua. Através de todos esses símbolos tão sensíveis no meio de um cenário de apatia futurística, Wolf's Rain aborda as questões de perseverança e fé de uma forma tão bonita quanto vários outros animes.