"O Aquário de Eva" mostra a evolução pessoal de Eva, a psicóloga de uma escola, uma mulher intuitiva, espontânea e muito pouco ortodoxa, tanto no trabalho como na sua vida privada. Eva tem de lidar com um episódio do seu passado que teve grandes consequências na sua vida. Vive com Maria, sua irmã mais velha, que passa por uma mudança radical depois de sofrer uma experiência que a marcou profundamente.

Através das sessões da psicóloga com os pacientes, a série irá abordar os progressos e retrocessos dos jovens alunos que encarnam perfis muito típicos da sociedade atual e ainda a verdadeira causa de cada problema que, em muitos casos, os participantes da terapia mantêm escondida.