Saintia Shô conta uma história paralela à da série clássica do anime. Nela, acompanhamos as Saintias, uma classe de guerreiras que não usa máscara e serve diretamente à deusa Atena, Saori Kido. A protagonista é Shoko, que torna-se Saintia de Cavalo Menor para resgatar a irmã, Kyoko, cujo corpo é possuído pela deusa maligna Éris.