A data é 2002, três anos após os acontecimentos de Patlabor 1 - Polícia Mobile. A destruição de uma equipa de Trabalho das Nações Unidas no Sudeste da Ásia começa a construir-se a um plano terrorista mortal que ameaça a enviar ondas de choque em todo militar japonesa. Com a evidência de uma guerra militar iminente, os dispersos membros da SVD original (Divisão de Veículos Especiais) devem se reunir para defender a cidade contra o perigo. Para piorar a situação, o cérebro por trás da operação é ninguém menos que ex-professor de Nagumo e ex-amante Tsuge.