Terceiro capítulo da quadrilogia de filmes inspirados no game Shin Megami Tensei: Persona 3. A estação se transforma em outono. A luta do protagonista e de seu grupo, S.E.E.S. contra os estranhos Shadows está chegando cada vez mais próximo de um fim. Makoto e seus aliados resolvem se envolver em batalhas de vida e morte contra os Shadows, a fim de acabar com a Dark Hour. Através das batalhas, alguns devem enfrentar a morte de amigos e familiares, perceber que coisas preciosas devem ser protegidas e devem encontrar sentido nas batalhas que estão travando.

Na frente de Makoto, o misterioso aluno transferido aparece, Ryoji Mochizuki. Quando o grupo consegue uma nova manhã, as engrenagens do destino começam a girar. Uma luta que gira em torno de cada um dos heróis começa.