Os amigos Yoji, Yukio e Kohei planejam um assalto. Yoji não aparece, Kohei foge na hora e Yukio leva a culpa pelo roubo fracassado. Sete anos mais tarde, Yukio é libertado da prisão e quer se vingar de Yoji. Ele vai atrás de Yoji em uma ilha onde agora ele administra um hotel com Rika, uma mulher sensual e silenciosa. A partir deste ambiente desolado e sinistro, a realidade se deteriora rapidamente. Baseado em um romance de mesmo nome de Yoichi Funado, tem trilha sonora do ex-Sonic Youth, Jim O’Rourke. Petrel Hotel Blue é um dos últimos filmes que Wakamatsu realizou antes de morrer em outubro de 2012, ano que já havia lançado outros dois filmes.