O prólogo que conta como Mewtwo obtém sua nova forma.
Acompanhamos Virgil tentando descobrir sobre Mewtwo, apenas para descobrir quem está tentando capturá-lo e devolvê-lo aos seus criadores.
Por isso ele tenta ajudar Mewtwo a continuar a ser livre.
Virgil se encontra com uma garota e um velho, e descobre a história de Mewtwo, quando um homem com cabelo azul aparece.