Ash, Brock e Dawn chegam ao local de mais um concurso da coordenadora, o cidade de Alamos. A cidade possui duas grandes torres chamadas de Torre Espaço-Tempo. Mas Darkrai aparece e tenta avisar da poderosa luta que está acontecendo. A luta é entre Palkia, guadião do espaço e Dialga, guardião do tempo. Nesta terrivel luta, Palkia se machuca e tenta se refugiar na cidade de Alamos. Agora, Darkrai vai fazer de tudo para parar a terrivel luta que se encontra na cidade de Alamos.