A primeira temporada de Scrubs segue as aventuras de J.D. e seu melhor amigo Turk durante o primeiro ano de ambos como estagiários no Hospital Sacred Heart. J.D. rapidamente encontra seu relutante mentor Dr. Cox, uma estagiária bonita chamada Elliot, o zelador do hospital que se diverte fazendo a vida do J.D. miserável, o Chefe de Medicina Kelso e a enfermeira Carla.