Nesta última temporada enquanto os Caçadores de Sombras lidam com mudanças em suas vidas pessoais e Clary e Jace mantêm segredos obscuros, uma séria ameaça aos Caçadores de Sombras emerge na forma de Lilith, um poderoso demônio construindo um exército de discípulos em uma missão para ressuscitar seu "precioso garoto" Jonathan.
Os Caçadores de Sombras enfrentam um novo nível de mal que eles nem imaginam com o retorno de Jonathan Morgenstern.