Shadowverse Flame apresenta um novo protagonista, Light Tenryu, e sua história se passa no Shadovar College, uma instalação que treina jogadores profissionais do jogo Shadowverse. Tenryu Light, um estudante transferido, decide ingressar no "Seventh Flame", um dos sete clubes Shadovar. Porém, Seventh Flame está prestes a fechar devido à falta de membros! Para evitar o desaparecimento do clube, a Light decide procurar novos associados. Mas o que o espera são rivais poderosos que controlam uma grande variedade de cartas...