Shadowverse Flame apresenta um novo protagonista, Light Tenryu, e sua história se passa no Shadovar College, uma instalação que treina jogadores profissionais do jogo Shadowverse. Tenryu Light, um estudante transferido, decide se juntar ao "Seventh Flame", um dos sete clubes de Shadovar. No entanto, Seventh Flame está prestes a fechar devido à falta de membros! Para evitar o fim do clube, Light decide procurar novos membros. Mas o que o espera são poderosos rivais que controlam uma grande variedade de cartas...