A história de Psychic Detective Yakumo gira ao redor da vida do estudante Saitou Yakumo, que nasceu com olhos sobrenaturais. Diferente dos humanos, Yakumo pode ver através do seu olho esquerdo de cor vermelha, fantasmas e aparições. Ele acredita que os fantasmas estão em nosso mundo por causa de algo não resolvido, e os ajuda a resolver seus problemas para que descansem definitivamente em paz.