O Japão tem sido alvo de uma série de assassinatos e catástrofes provocadas por um homem mascarado que se autodenomina Skull Man e seu comparsa Garo, capaz de transmutar-se em diferentes criaturas. As calamidades provocadas por Skull Man são investigadas pela Agência de Detetives Tachiki com a ajuda de um jovem chamado Tatsuo Kagura, filho de um membro da yakuza no clã Kagura.

Eventualmente Tachiki, o policial chefe da Agência de Detetives Tachiki, mesmo chocado passa a desconfiar que Tatsuo seja o misterioso Skullman, em contrapartida, o mesmo suspeita que o detetive esteve envolvido em uma conspiração pública que ocorreu a ele 15 anos no passado, quando fora adotado pelo clã Kagura e seus pais biológicos assassinados! Tatsuo busca descobrir quem é o cérebro que tem manipulado a indústria, as finanças e até mesmo a política por todos os esses 15 anos que se passaram. Tatsuo, o Skull Man, espera que Tachiki lhe revele o nome do homem por trás de toda essa conspiração e por isso arma uma emboscada para ele e a policia, mas tudo que consegue é o sobrenome do homem a quem procura: “Chisato”.

A dupla acaba na pista de um ancião chamado Kogetsu Chisato, que vive em um templo com uma garota chamada Maya, que é muda e cega. Para vingar a morte de seus pais, Skullman invade o recinto de Kogetsu para assiná-lo, mas Maya se comunica com ele através de telepatia e o suplica que não o faça, assim revelando também um trágico segredo: Kogetsu Chisato é o seu avô e ela sua irmã mais nova!

Chisato conta a seu neto a verdadeira história sobre seu passado: Seu pai era um gênio da ciência, desde a sua juventude vem realizando experiências genéticas, ele se dedicou a criação de mutantes que formariam uma nova ordem para a humanidade. Sua esposa, com quem se casou e teve Tatsuo, também era uma mutante. Seu pai realizou todo tipo de experiência que poderiam até mesmo por um fim a vida como nós conhecemos. E era justamente isso o que temia Chisato, que seu filho se deixasse levar pela compulsão doentia que o inspirava a continuar suas pesquisas, sendo assim, depois que Maya nasceu, ele se viu obrigado a organizar o assassinato do próprio filho, assim como sua esposa, escapando apenas seu neto, que foi resgatado por Garo, também uma das crias de seu pai.

Chisato resolveu ficar com Maya e criá-la como sua servente e esperou ansiosamente pelo dia que Tatsuo retornasse e assim pudesse eliminá-lo de uma vez por todas, com o argumento de que “Nós nascemos na era errada”, Chisato incendeia a si próprio junto com sua família arrastando-os consigo para o inferno.