Em um mundo subterrâneo — daí o nome Slugterrâneo —, as pessoas utilizam lesmas como sua principal arma e meio de manter a sociedade em equilíbrio. Mas essas criaturinhas não são nada normais: quando atiradas a 150 km/h liberam seus poderes característicos, que podem ser desde o fogo, gelo, eletricidade, explosão e até mesmo as que fedem.
Neste contexto vive o protagonista do desenho, Eli Shane. Ele vem de uma linhagem de heróis que mantém a ordem em Slugterra, derrotando bandidos e outros tipos de malfeitores, além de guardar um grande segredo: o mundo onde eles vivem é na verdade o subterrâneo do planeta Terra. Uma de suas missões recebidas de seu pai, Will Shane, é impedir ambas as sociedades se encontrem, o que poderia gerar um grande conflito.
Claro que Eli não está sozinho, contando com a ajuda dos amigos Trixie, Zane e Pronto.