2199 D.C.. A Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem Magellanic, após receber um "Cosmo Sistema Reverso" em seu destino, Iscandar. Porém, de repente, ela encontra um grupo misterioso na beira da Grande Nuvem Magellanic. A equipe descobre que o grupo se chama "Gatlantis," e que seu líder é o comandante da força expedicionária Gutaba que se chama "Goran Dagaamu do Trovão." O comandante exige que a Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo se apressar para a Terra, escapa do combate. Porém, a Yamato é atacada por uma arma a laser devastadora chamada "Canhão de Chamas de Ataque Direto" que pode transcender espaço.

A Yamato conseguiu recuar, mas acabou se perdendo e se encontra em uma dimensão estranhamente colorida. A equipe decide desligar os motores da nave e explorar o misterioso planeta. Para coletar informação, Kodai, Kiryū, Sawamura, Niimi e Aihara aterrissam no planeta. O que eles viram quando chegaram foi uma nave que não deveria estar ali.

Dagaamu segue os rastros da Yamato e também alcança o espaço estranhamente colorido. O planeta que a Yamato pousou era na verdade o que Dagaamu têm procurado por todo o tempo.