Segundo ele, "Marcos é o nome de um colega que morreu, e sempre usamos os nomes daqueles que morreram nesta idéia de que um não morre, se a luta continuar.". Esta não é uma sigla, como alguns têm sugerido, nas comunidades onde o EZLN primeiro se levantou (Las Margaritas, Altamirano, Rancho Novamente, Comitan, Ocosingo, oxchuc e San Cristobal).

No dia 9 de fevereiro em 1995, o governo mexicano declarou publicamente que conhecia a identidade do Subcomandante Marcos, identificando-o como Rafael Sebastián Guillén Vicente (Tampico, Tamaulipas México, nascido em 19 de junho de 1957), ex-aluno da Faculdade de Filosofia e Letras da Universidade Nacional Autônoma do México (UNAM) e professor da Universidade Autónoma Metropolitana (UAM), em Cidade do México.

Rafael Sebastián Guillén Vicente foi o quarto de oito irmãos, filho de imigrantes espanhóis zamoranos, e nasceu dia 19 de junho de 1957 no Caridade espanhol, um hospital privado da cidade de Tampico. Ele passou sua infância com seus pais em sua casa na colônia Lauro Aguirre, em primeiro lugar e, finalmente, na casa da rua Ébano 205, na Colônia Petrolera.Aproveitava qualquer festa infantil para atuar como mágico. Antes de envia-lo para a escola primária,seu pai ensinou-lhe a recitar vários poemas. Sofria de asma. Aparentemente, ele estava muito perto de sua avó. Ele fez o primário no Colégio de Jesus Felix rougier, administrado pelos Missionários da Santíssima Trindade, entre 1963 a 1969. Cursou o ensino secundário com os jesuítas no Instituto Cultural Tampico, de 1970 até 1976; nesta fase se destacou pela maneira de preparar os seus argumentos em sala de aula. No ensino secundário não só escreveu a propaganda das lojas de móveis para o pai ( "Mueblerías Guillen, as do crédito imobiliário"), mas subiu na pick-up da empresa, e ajudou a distribuir móveis e equipamentos eletro-dométicos de casa a casa . Além de viajar muito pelo México, South Padre Island, Orlando, Nova Orleans, Las Vegas e no Canadá com sua família, viajou para a Serra Tarahumara na companhia do irmão Carlos Simon. Juntamente com o seu serviço nas colônias marginais de Tampico, é talvez uma das viagens com o maior impacto no sentido de moldar sua personalidade. Quando passou a viver na cidade para estudar na Faculdade de Filosofia e Letras na UNAM, o muito custo deixou o seu emprego na sua cidade natal, mas assim que o fez, retornava apenas em ocasiões especiais, e os seus períodos de desaparecimento cresceram progressivamente. Desde 1992, nunca mais foi visto em Tampico, ou nos seus arredores. Durante uma breve estadia viveu em Espanha, especificamente em Barcelona onde trabalhou nas conhecidas lojas de departamento El Corte Inglés.

Formou-se em filosofia pela Universidade Nacional Autónoma do México (UNAM), com a tese Filosofia e educação: práticas discursivas e práticas ideológicas em livros didáticos para o primário. Depois começou a trabalhar como professor na Universidade Autónoma Metropolitana e também como dançarino no cabaré de sua tia, em Guadalajara.