A série gira em torno de Mike Fukanaga, o protagonista principal, e seus amigos, Owen e Amanda. Após a morte de seu avô, Mike recebe uma carta misteriosa que o leva a descobrir que ele vem de uma longa linha de ninjas. Com Owen, e mais tarde Amanda, eles são levados para o mundo do combate ao crime, formando a equipe "Supah Ninjas". Eles são treinados com um holograma do avô de Mike.Originalmente, o papel de personagem principal foi oferecido a Internet de celebridades Ryan Higa (conhecido mais comumente como Nigahiga), mas os produtores queriam que ele tirasse seus vídeos do YouTube para que ele recusou a oferta, Higa é ajustado para fazer uma aparição no show.