A série gira em torno de Mike Fukanaga, o protagonista principal, e seus amigos, Owen e Amanda. Após a morte de seu avô, Mike recebe uma carta misteriosa que o leva a descobrir que ele vem de uma longa linha de ninjas. Com Owen, e mais tarde Amanda, eles são levados para o mundo do combate ao crime, formando a equipe "Supah Ninjas". Eles são treinados com um holograma do avô de Mike.