No ano de 2005, Leonardo, Donatelo, Rafael e Michelangelo são transportados para 100 anos a frente. Lá eles conhecem Cody Jones, tataraneto de 14 anos de April e Casey, e acima de tudo o responsável pela viagem das tartarugas. Lá eles fazem amizades, mas também inimigos.

Personagens

Leonardo: Continua a mais séria e disciplinada das tartarugas, mas também tem seu jeito brincalhão. É bem ligado a Cody e está tentando se adaptar ao futuro.
Donatello: Teve uma rápida apegação ao futuro, e já mexeu na maioria das máquinas de lá. Sabe como tudo funciona e está bem mais inteligente agora.
Rafael: Ainda não se acostumou com o futuro, por ter se apegado ao presente, mas ainda tenta seguir seus irmãos, que ao contrario dele, já se adaptaram ao futuro.
Michelangelo: A mais engraçada das tartarugas, ele já joga todos os jogos do futuro e se diverte muito passeando por lá. Ainda não perdeu seu jeito infantil, mas bondoso.
Cody Jones: Tataraneto de April e Casey, é um menino brilhante. Antes da chegada das tartarugas, só tinha como amigo seu robô protetor Serling.
Serling: Não gosta das tartarugas pelo fato delas bagunçarem toda a casa. É super-protetor, e quando o papo é proteger Cody, está pronto para tudo.