O jogador entra na pele do último Dovahkiin,que tem o dever de livrar a província de Skyrim da tormenta causada pelos dragões e seu líder Alduin. O jogo se passa duzentos anos depois dos eventos de Oblivion. Na premissa, o Império começa a ceder territórios para as nações Élficas uma vez governadas, porque não há nenhum herdeiro para o trono do Imperador. Os Blades não tem ninguém para defender, e gradualmente morreram, foram assassinados ou se isolaram do resto do mundo. Depois do assassinato do Rei de Skyrim, uma guerra civil irrompe entre as raças nativas Nord — sendo a maioria aqueles que desejavam que Skyrim se separe do Império, e o resto sendo aqueles que desejam que Skyrim permaneça no Império.
Como os jogos Elder Scrolls anteriores, Skyrim começa com o personagem do jogador como um prisioneiro desconhecido, condenado por cruzar a fronteira e ser confundido com um Stormcloak. Tendo que enfrentar, nesse novo capítulo da série, Alduin. Alduin foi, em tempos remotos, o líder dos dragões que dominavam o mundo e escravizavam todos os seres humanos, até que um dia foi derrotado por nórdicos, depois da derrota de Alduin, os outros dragões começaram a serem mortos, isso, muito tempo antes da história que o jogador vive em Skyrim. O personagem do jogador é o último Dragonborn (Nascido do Dragão), um caçador de dragões que tem o objetivo de afastar a ameaça que Alduin representa para Skyrim e Tamriel. Ajudando o jogador está Esbern (dublado por Max von Sydow) e Delphine talvez os últimos Blades vivos.