Dois anos se passaram desde o ataque da CCG a Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido à crescente influência do CCG, os ghouls continuam a apresentar um problema, já que começaram a tomar cautela, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG para sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como o Quinx Squad, pode proporcionar ao CCG o impulso que precisam para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como seres humanos que foram submetidos a uma cirurgia para fazer uso das habilidades especiais de um ghouls, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio-ghoul, meio humano, que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais para este jovem do que os olhos, como lembranças desconhecidas em sua mente, lembrando-o lentamente da pessoa que ele costumava ser.