Rumina Asagi é um estudante do ensino japonês que acabou de mudar de escola junto com seu amigo Ginosuke Isuzu. Um dia, ao chegar em casa, ele encontra um enorme buraco no seu jardim e duas garotas, Chelsea Rorec e Ruri Sarasa, que dizem ter vindo de uma cidade embaixo de Tokio chamada Underground. Após isso, um estranho homem chamado Seki também sai desse buraco dizendo que recebeu ordens da COMPANY para levar a traidora Chelsea Rorec e a Sacerdotisa da vida de volta para Underground.