Umineko no Naku Koro ni se passa entre 4 e 5 de outubro de 1986 em uma ilha isolada que mede cerca de 10km de extensão chamada Rokkenjima. A propriedade pertencente a Kinzo, chefe e patriarca da família Ushiromiya. Estando Kinzo próximo de sua morte, os quatro filhos decidem aproveitar a reunião anual da família para discutir como a herança será dividida após a morte de Kinzo.
Moram na ilha, além de Kinzo, três membros da família, o médico pessoal de Kinzo e diversos empregados (embora apenas cinco estivessem em serviço na ilha durante o ocorrido). Após todos os membros chegaram à ilha, um tufão os prende no local e estranhos assassinatos começam a ocorrer.
O protagonista da série é Battler Ushiromiya, filho do segundo filho de Kinzo, Rudolf. Battler não esteve presente nas conferências de família nos últimos seis anos ao cortar ligações com sua família por desgosto do pai casar-se imediatamente após a morte da sua mãe, Asumu. Sendo assim, Battler passa a viver com os avós e até mesmo passa a usar o nome de solteira da mãe. Após a morte dos pais, Battler passa a viver com o pai Rudolf, sua segunda esposa Kyrie e sua meia-irmã Ange. Sendo assim, Battler é forçado a comparecer na conferência anual da família após seis anos.
Ao voltar à ilha, Battler é lembrado da lenda da família, que fala sobre a bruxa dourada, Beatrice. Teria sido a bruxa quem supostamente ajudou Kinzo a reerguer a família depois de uma série de dificuldades financeiras geradas como consequência de um terremoto na região de Kanto em 1923 ao lhe entregar dez toneladas de ouro. Um retrado da suposta bruxa encontra-se no salão principal da mansão junto a um misterioso epitáfio que segundo a lenda, aquele que o resolver herdará o ouro e o título de sucessor da família Ushiromiya.
Uma carta misteriosa assinada pela própria bruxa aparece, dizendo que irá matar todos da família para recuperar o ouro para si, mas que irá parar se algum dos membros da família resolver o epitáfio. Acreditando ser um blefe, nenhum dos membros leva a carta a sério. No dia seguinte, seis membros da família são encontrados mortos e começam a ser eliminados um por um, até não sobrar nenhum vivo.
Mesmo após tudo, Battler se recusa a acreditar que as mortes foram causadas pela bruxa Beatrice. Beatrice, cujos poderes não funcionarão ao máximo se caso mesmo uma única pessoa não acreditar nela, decide desafiar Battler em um jogo: eles repetirão os eventos dos dias 4 e 5 de outubro de 1986 onde Battler têm como objetivo provar que os assassinatos que Beatrice afirma ter causado com magia poderiam ser cometidos por humanos. Durante o decorrer da série, diversos argumentos lógicos como salas fechadas, o paradoxo do corvo e o gato de Schrödinger são utilizados.