A história acontece dentro de Neo Tokyo no ano de 2025, cinco anos depois de um grave ataque terrorista nos Jogos Olímpicos de Tóquio de 2020. Estudantes que possuem habilidades especiais são forçados a servir uma unidade anti-terrorista de elite criada pelas Nações Unidas, lutando contra ameaças, incluindo outros usuários de habilidade. Se esses agentes falharem em sua missão, serão mortos junto com suas famílias, que têm bombas plantadas dentro de suas cabeças. Um membro desta unidade secreta de operações, uma sueca chamada Anthea Kallenberg, procura encontrar saber quem ela realmente é.