Em um esforço para encontrar um meio econômico de purificação de água salgada, um comando militar conjunto entre EUA e Japão está instalado em uma ilha japonesa isolada, onde está situado um incomum lago de água salgada. No entanto, seus experimentos de purificação despertam o monstro pré-histórico Varan da hibernação no fundo do lago, e ele passa a atacar o Japão.