Vexille se passa em uma distopia futurista. O Japão decidiu deixar as Nações Unidas e se isolar. O país bloqueia suas ilhas com um campo ultra magnético que inibe completamente qualquer um de ver o que se passa ali ali dentro e, além disso, não permite que pessoas entrem ou saiam. Esta atitude foi tomada em virtude de um descontentamento em relação a um tratado das Nações Unidas que tinha o objetivo de evitar o desenvolvimento nocivo da biotecnologia e robótica, ciências que estavam evoluindo de maneira catastrófica e se tornando uma ameaça aos seres humanos.
Com o passar dos anos, o governo estadunidense decide enviar uma força tarefa especial conhecida como SWORD para investigar o que realmente está acontecendo no Japão. Que mistérios os aguardam? O que houve com a Terra do Sol Nascente?