A história se passa em 1999, o ano em que será decidido o destino da Terra: a destruição da raça humana ou a continuação da espécie, apesar de todos os males que traz ao planeta. O futuro está nas mãos de um jovem chamado Kamui Shirou, que deve decidir entre liderar os Dragões do Céu (que protegem a humanidade) e os Dragões da Terra (que acreditam que a Terra só sobreviverá caso os humanos sejam destruídos). Os dragões devem se enfrentar até a morte para que seja definido o destino do nosso planeta, sendo que a vitória dos Dragões do Céu resulta na salvação dos humanos e a vitória dos Dragões da Terra significa sua aniquilação. Ao desenrolar da trama, Kamui se vê obrigado a tomar essa difícil decisão que afetará todos, inclusive seus amigos mais próximos, como Fuuma e Kotori. Essa animação contém uma continuação da história de Seishiro Sakurazuka e Subaru Sumeragi de Tokyo Babylon.