Finalmente, a última temporada da série mostra os segredos do passado do Faraó e da civilização egípcia que ele governou há 5000 anos atrás, além do início dos Jogos das Trevas, a criação das Relíquias do Milênio e uma batalha intertemporal que é disputada simultaneamente no passado e no presente, colocando em jogo os dois mundos. Ao final, o Faraó é obrigado a duelar com o próprio Yugi, de modo que Yami deve perder para reconhecer sua derrota e poder descansar. A temporada fechou a série com a resolução dos segredos que pairaram durante todos os episódios.