Um menino chamado Shougo Aoyama é muito tímido para duelar, mesmo após a obtenção de uma carta poderosa rara "Dragão Negro de Olhos Vermelhos". Seto Kaiba também descobre sobre raro achado de Shougo e organiza um torneio, onde a participação é obrigatória para aqueles que recebem um convite. Shougo e Yugi Muto são posteriormente perseguido e agredido por capangas de Kaiba da KaibaCorp, sendo ambos dominados pelos capangas de Kaiba enquanto o enigma do milênio de Yugi é roubado. Agora Yugi deve entrar torneio de Kaiba e mostrar Shougo que ele pode ter o potencial e poder para se tornar um verdadeiro duelista.