No futuro, a civilização humana foi destruída. Paradox viaja para o passado para prevenir seu futuro eliminando a causa dessa destruição: Monstros de Duelo e seu criador.
Os heróis das três gerações da série Yu-Gi-Oh!: Yugi Muto, Jaden Yuki e Yusei Fudo se reúnem para um duelo final contra Paradox.
O filme comemora os 10 anos da série original.