Conta a história de um garoto chamado Yugi Muto, que é tímido e muitas vezes intimidado. Um dia, ele consegue resolver um quebra-cabeça conhecido como o Enigma do Milênio, que segundo a lenda concede um desejo a quem o resolve. Ao completar o quebra-cabeça, no entanto, Yugi é possuído por um espírito residente no enigma, conhecido apenas como "Dark Yugi". Daquele dia em diante, sempre que alguém com um coração escuro ameaça amigos de Yugi, este se torna "Dark Yugi" e desafia estas pessoas para os jogos de sombras (jogos que revelam a verdadeira natureza de uma pessoa).