"NCIS: A Terceira Temporada" continua com as aclamadas e empolgantes aventuras de uma equipe de elite formada por agentes especiais, que operam fora da rede governamental de comando. Liderada pelo Agente Especial Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), um severo e altamente preparado investigador, que não tem medo de quebrar as regras, a equipe NCIS precisa de alguma forma voltar a se reunir e se recuperar, após sofrer a devastadora perda de uma de suas agentes especiais para um terrorista. Complicação maior para Gibbs é Jennifer Shepard (Lauren Holly), ex-namorada de Gibbs, que é a nova diretora do NCIS.