A história se passa um ano depois do filme original. Treinado nas artes dos ancestrais poderes aquáticos, o peixinho Pê agora pode facilmente derrotar um tubarão com as próprias nadadeiras, mantendo afastados quaisquer predadores que ameacem seus amigos e vizinhos do recife. Infelizmente, ser o único herói da cidade também tem seu preço, especialmente quando um grupo de maléficos tubarões famintos (liderado por um sujeito desagradável que Pê conhece muito bem) declara que o fim daquela região está decretado – e se aproxima o mais rápido possível! Sozinho, talvez Pê não consiga. Então, ele vai ter que treinar um grupo de bravos companheiros (além de seu próprio filho) para combater esta ameaça cheia de dentes.