A Psi Corps e o presidente Clark, cujo governo descobriu uma nave das sombras enterrada no sistema solar da Terra, começa a se utilizar da tecnologia avançada aprendida. A administração Clark se torna ainda mais xenofóbica e totalitária, e se utiliza de um incidente militar como uma desculpa para declarar lei marcial. O evento provoca uma guerra por independência em Marte, que há muito já tinha uma relação complicada co a Terra. Babylon 5 também declara independência da Terra juntamente com diversas outras colônias avançadas da Aliança Terrestre. Em resposta, a Aliança tenta retomar a estação à força, mas é impedida pelos minbari, que se aliaram à Sheridan para conter o avanço das sombras.