A história de Clockwork Planet desenrola-se num mundo que foi destruído e que foi completamente reconstruído com um mecanismo de relógio. Um jovem chamado Naoto Miura encontra inesperadamente uma menina autômato.

O mundo que muda e o que a humanidade não muda. Numa altura em que a realidade e a fantasia estão colidindo, os encontros destes dois fazem as engrenagens do destino se moverem!