"O Fenômeno 2" conta-nos a história de um homem vulgar, George Malley (Christopher Shyer), que vê uma estranha luz a brilhar no céu no dia do seu aniversário e acorda no dia seguinte com um QI muito mais elevado e corpo com superpoderes. George deseja colocar os seus novos dons ao serviço de boas causas, para a mãe, Nora (Jill Clayburgh) e a sua pequena cidade. Mas quando a notícia se espalha, no entanto, ele passa a ser tratado como um anormal e um rebelde. O governo quer usar o talento de George com outros fins, mas ele teme que seja usado apenas como uma cobaia...
No primeiro filme, interpretado por John Travolta, a história termina quando George desaparecia, presumivelmente para morrer.
Em "O Fenómeno 2", a sua história continua. George escapa para São Francisco e começa uma nova vida, assumindo uma outra identidade. À medida que se adapta à vida na grande cidade, descobre que poderá partilhar com outras pessoas as suas novas capacidades.