Dois meses se passaram após os eventos ocorridos no submarino Tuatha De Dannan, que deram fim a primeira fase de Full Metal Panic!. Nesse pequeno intervalo de tempo, algumas situações mudaram: os "whispered", pessoas com conhecimento profundo sobre qualquer tipo de armamento (como Kaname), deixaram de ser perseguidos. A Mithril, então, resolve retirar o o sargento Sousuke Sagara do posto de guarda-costas de Kaname Chidori. É evidente que sempre existiu um agente secreto que observava Sagara e Chidori de longe, e esse, agora, terá o papel de continuar protegendo a jovem.