Alguns anos se passaram desde a épica batalha entre Kenshiro e Raoh, os dois homens que mudaram a face do planeta e o salvaram da perdição.

No entanto, o herdeiro da arte marcial mais perigosa de todos os tempos não é visto desde então e há rumores de que ele já morreu.

Nesse novo mundo de paz e prosperidade, levanta-se um poder outrora apagado: a Imperatriz Celestial, detentora de um antigo poder e comandante de ambos Hokuto e Nanto, começa a espalhar seus tentáculos pelas terras, e logo a humanidade se vê subjugada por uma força tirana e opressora.

Num mundo sem esperança, onde o único homem capaz de combater a ditadura está desaparecido, aparece uma tropa de resistência: o Exército de Hokuto, idealizado e liderado pelos dois jovens que acompanharam Ken em suas aventuras Bart e Lynn.

Mentorados por Rihaku, o último dos Goshasei, eles enfrentam a tirania do jeito que podem, ansiando pela volta do Salvador.