Estudou História Contemporânea na Universidade de Barcelona e trabalhou como jornalista na revista Fotogramas. Seu interesse pela imagem a aproxima do mundo do cinema. Isabel desempenha diversos trabalhos no campo da publicidade e cria sua própria produtora. Anos mais tarde, decidida a filmar seu primeiro longa-metragem, muda-se para os Estados Unidos e roda Cosas que nunca te disse (1996).
Isabel é bastante conhecida no meio publicitário e dirige anúncios por todo o mundo. Desempenhou vários cargos em diversas agências publicitárias ganhando vários prêmios por seus trabalhos na área.
Em 2003, a carreira de Isabel Coixet tomou uma expansão internacional com o drama íntimo Mi vida sin mi, adaptado de um romance de Nancy Kincaid. Sarah Polley faz o papel de Anne, uma jovem mãe que opta por não dizer a sua família que ela sofre de um câncer incurável. A co-produção hispano-canadense chamou a atenção dos críticos no Festival de Berlim e foi nomeado para um Urso de Ouro.
Seu filme, La vida secreta de las palabras (2005), filmado em Madrid e Belfast, com Tim Robbins e Sarah Polley, recebeu inúmeros prêmios, incluindo quatro Premios Goya de Melhor roteiro original, Melhor diretor, Melhor filme e Melhor diretor de produção.