O documentário mostra um bar gay chamado Shushan, localizado na cidade, onde pessoas de diferentes nacionalidades, religiões e orientações sexuais vivem em paz em um lugar dividido pela guerra. A produção acompanha a rotina de palestinos e israelenses e a luta deles para fazer uma Parada Gay em Jerusalém. A produção mostra como o bar virou uma espécie de salvação para as pessoas que vivem em uma sociedade cheia de ódio e intolerância. Em "Jerusalém: As Fronteiras do Preconceito" é possível constatar os diversos problemas e riscos vividos pelos seus personagens. O documentário faz uma análise da maneira como cada ser humano busca a sua aceitação para viver com liberdade e integridade.