Mutant Girls Squad reune os diretores Noboru Iguchi (Machine Girl), Yoshihiro Nishimura (Tokyo Gore Police) e Tak Sakaguchi (Yoroi: Samurai Zombie).
O filme será uma especie de paródia de X-Men, Yumi Sugimoto será Rin, uma tímida jovem que ao completar seus dezesseis anos, começa a sentir dores estranhas em seu braço, que mutando, se transforma em uma arma mortífera.
Logo, uma organização do governo, secretamente começa a caçá-la, chegando inclusive a matar seus pais, mas Rin sobrevive em tempo, sendo socorrida por um ser com superpoderes chamado Hiruko.
Assim, mutantes de todas as partes do Japão se reúnem e começam um treinamento, pra poder enfrentar essa organização.