No ano 2220 D.C., a Federação da Terra lança um plano de evacuação da Terra ao descobrir que um buraco negro capaz de viajar pelo espaço, destruindo tudo em seu caminho, está caminhando em direção ao Sistema Solar. Conforme as pessoas da Terra se preparam para mudar para o planeta Amarl, cujo governante oferece refúgio, os tiranos conhecido como o "Império do SUS" atacam a primeira frota de evacuação. Depois de saber que sua esposa, a capitã Yuki Mori-Kodai desapareceu na batalha e que o lendário Space Battleship Yamato foi totalmente reconstruído, Susumu Kodai aceita o comando do navio, pretendendo não só ajudar a humanidademais uma vez, mas também encontrar Yuki na esperança de melhorar seu relacionamento com sua filha Miyuki, que põe a culpa nele pelo desaparecimento de sua mãe. Mas, para a cumprir a missão, o Yamato deve passar por batalhas contra o Império do SUS, que pretendem estragar qualquer esperança da humanidade de encontrar um novo lugar para viver e transformar a Terra egoisticamente em energia para as suas próprias necessidades.